A parte $(...)
está sendo avaliada pelo shell antes mesmo de xargs ser chamado.
O que você pode tentar é algo como:
xargs -0 -I {} bash -c 'mv {} $(echo {} | sed "s/local.conf/local.example.com.conf/")'
Você pode evitar o sed com
xargs -0 -I {} bash -c 'f="{}"; mv "{}" "${f/local.conf/local.example.com.conf}"'
Veja também o comando rename
se você o tiver.