Esta é uma pista para o problema:
test.sh: line 98: syntax error near unexpected token 'done' 'est.sh: line 98: 'done < isam_subrack2.txt 2> /dev/null
Essa segunda linha normalmente seria lida como esta
test.sh: line 98: 'done < isam_subrack2.txt 2> /dev/null'
Como você pode ver, a marca de aspas à direita da mensagem de erro está no início da linha. Isso é sintomático de caracteres CR inesperados no arquivo de texto. Vejo que você executou o arquivo por meio de dos2unix
, mas ainda assim recomendaria executá-lo por meio de algo semelhante mais uma vez:
tr -d '5' < src.sh > dst.sh