Acabei resolvendo esse problema usando um pacote chamado config-package-dev
.
Embora eu não tenha percebido na época, havia uma grande falha no que eu estava tentando fazer anteriormente. Atualizações ou alterações no pacote poderiam ter sobrescrito meus arquivos .conf
personalizados na atualização e o sistema teria sido quebrado.
config-package-dev
resolveu esse problema fazendo links simbólicos para meus arquivos .conf
personalizados, o que isola a configuração para alterações (entre outras coisas). Além disso, realizou todas as coisas que eu estava tentando fazer e fez todo o processo muito mais limpo. Acabei jogando fora minha solução antiga e fazendo um pacote totalmente novo com as ferramentas de construção de pacotes do Debian.
Obrigado a todos.