Deveria estar bem; ele pode deixar os testes e os componentes de teste em um estado indeterminado, mas o aplicativo real não deve ser afetado.
Essa não é uma regra difícil e rápida e eu não estou familiarizado com guile , mas seria muito estranho se a compilação dependesse de completar make check , ou se a verificação pudesse danificar alguma coisa.
No entanto, se "demorando muito tempo" você quer dizer que parece ter parado em algum momento, isso pode não ser um bom sinal. Deixar a verificação completa é provavelmente uma boa ideia, mesmo que demore cerca de uma hora.