Você está pensando nisso de maneira incorreta; os scripts K que estão presentes, por exemplo, no nível de execução 3, não são para matar coisas antes de entrar no nível de execução 3, mas ao sair do nível de execução 3 antes de entrar em outro.
Portanto, a transição do nível de execução 5 para o nível de execução 1 executaria primeiro os scripts K
ill em /etc/rc5.d
(que corresponderiam aos scripts S
de tart executados ao entrar lá) e os scripts S
em /etc/rc1.d