Parece que você está se comunicando diretamente com o hardware com sua configuração. Isso pode causar problemas de multiplexação (tem para mim no passado). Você pode considerar a instalação do servidor de som pulseaudio para manipular a multiplexação do dispositivo em vários softwares que desejam usá-lo e misturador de pavucontrol:
$ sudo apt-get install pulseaudio pavucontrol
Uma vez instalado, reinicie o skype e gerencie a configuração usando a ferramenta GUI pavucontrol.