Use esse comando awk :
awk '/^00001/{print >"file1"} \
/^00002/{print >"file2"} \
/^00003/{print >"file3"} \
/^00004/{print >"file4"}' inputfile
Verifique qual prefixo a linha possui e imprime a linha inteira em file1 to file4 . inputfile é o arquivo com a lista grande.