Não copie os arquivos. Você pode executar várias cópias do mesmo executável.
Se você realmente precisa ter o tomcat instalado em outra hierarquia de diretórios, crie links simbólicos . Você pode usar um script como este:
dpkg -L tomcat6 tomcat6-common |
while IFS= read -r x; do
if ! [ -d "$x" ]; then
mkdir -p "/srv/alt-tomcat/${x%/*}"
ln -s "$x" "/srv/alt-tomcat/$x"
fi
done
Ainda será necessário atualizar os links simbólicos quando a lista de arquivos contidos no pacote for alterada, mas não para atualizações de segurança e outras correções de bugs.