I think it might be really complex to debug it this way.
Eu também. Não há razão para acreditar que o Apache simplesmente leia a configuração na memória e consulte-a de vez em quando - mais provavelmente, muitas das opções afetam integralmente como o apache se configura na inicialização.
Assim, você teria que entender a estrutura do código-fonte do apache e, em seguida, começar a tentar descobrir onde os vários bits e peças acabariam em um dump principal.
Se alguém já não tem uma ferramenta para isso (acho que não tem), então eu tentaria encontrar outra solução para o seu problema.