HAVE_PWM (como todos os parâmetros HAVE_* config) não é um parâmetro que você deve alterar. Como o nome sugere, ele apenas diz algo sobre a plataforma para a qual você está compilando o kernel e é habilitado pela plataforma que você selecionou (por exemplo, se você selecionar "NXP LPC32XX" [ CONFIG_ARCH_LPC32XX ] ele será ativado, pois essa plataforma suporta PWM ).
Se você selecionou a plataforma correta em sua configuração e HAVE_PWM não está habilitado, provavelmente não há suporte para o PWM nessa plataforma (porque o kernel não oferece suporte a ela nessa plataforma ou a plataforma não oferece suporte apoiá-lo em primeiro lugar).