Resposta curta é Sim, você danificará a instalação do GRUB.
Não importa onde o GRUB está localizado, no MBR (provavelmente no seu caso) ou na partição do Linux, ele precisa do diretório / boot / grub para funcionar, o que é (quase) sempre em sua partição Linux. Isso ocorre porque o binário GRUB precisa ser mantido em uma partição porque é muito grande para o MBR.
Se você tiver uma partição / boot separada, poderá mantê-la, e seu GRUB continuará funcionando, embora, se você selecionar o Ubuntu, ela não inicialize.
Ou você pode inicializar a partir de um CD do Windows e "reparar" o gerenciador de inicialização.