No Windows, os usuários não têm acesso ao código-fonte e só precisam aceitar programas binários sem a oportunidade de verificar o que um programa está realmente fazendo. Em uma instalação básica do Windows existem 16 GB (talvez menos, talvez mais) de programas instalados e todas as decisões para esses 16 GB são feitas pela Microsoft para você.
Com o Linux, você pode escolher livremente o que você instala, enquanto no Windows, a Microsoft faz a escolha para você.
Tudo o que eu disse é verdade quando você construiu seu Linux do zero, mas o problema é que poucas pessoas fazem isso, porque é muito confortável se alguém toma decisões difíceis para você. A maioria das pessoas instala o Ubuntu, o Fedora ou o SUSE, já que é fácil e rápido de instalar, e todas essas distribuições precisam tomar decisões para facilitar a instalação.
Devo acrescentar que com o Windows e com o Linux as decisões tomadas pelos criadores do sistema não são escritas em pedra e você sempre pode mudar o sistema ao seu gosto, mas eu achei muito mais fácil com sistemas de código aberto.
No final, é uma questão de confiança. Você confia na Microsoft para fazer um bom trabalho ou confia no Canonical (Ubuntu) ou no Red Hat (Fedora) e, se você só pode confiar em si mesmo, então precisa construir tudo sozinho.