A melhor maneira é desreferenciar duas vezes, mas eu acho que o fato de você ter mencionado isso em sua pergunta implica que isso não é bom para o seu caso de uso (por quê?).
A segunda melhor opção que você tem em um shell padrão bash
é usar readlink -f
(note, isso irá quebrar se o nome do arquivo contiver novas linhas à direita, o que é extremamente improvável, mas possível).
#!/bin/bash
src="$1"
dest="$2"
fileLinkedTo=$(readlink -f "$src")
if [[ -d "$dest" ]]; then
ln -s "$fileLinkedTo" "${dest%/}/${src##*/}"
else
ln -s "$fileLinkedTo" "$dest"
fi
E, em seguida, execute-o como:
./script /usr/local/boost_1_52_0/stage/lib/libboost_timer.so /usr/local/lib