AFAIK, MSSQL Server é uma versão modificada de um SyBase RDBMS.
Pelo menos com o MSSQL 2005, as ferramentas do SyBase também funcionaram para o MSSQL. Ainda pode ser o caso com o MSSQL 2008.
Procure o FreeTDS, uma implementação gratuita para acessar esses servidores.
Ele vem com sqsh
, um cliente SQL de linha de comando e também um driver ODBC que você pode usar com qualquer utilitário ou módulo de linguagem ODBC (como o DBI do perl).