Eu finalmente descobri o que está errado, e parece que fui afetado por esse bug . O problema é que, mesmo que exo-filemanager tivesse sido atualizado, o arquivo mimeapps.list ainda continha as entradas inválidas. É preciso editar manualmente o mimeapps.list e mimeinfo.cache e remover todas as linhas contendo as x-scheme-handler linhas.