Parabéns: você encontrou o Dependeny Hell [tm]. Boas notícias: é sempre auto-infligido; sem exceções.
Virtualmin - Trabalhei com Jamie em um projeto antes de sair do SCONJ; isso não é como ele - está fornecendo um httpd-devel que viola a convenção de nomenclatura estabelecida pelas diretrizes do fedora que, por sua vez, também regula o pacote linux empresarial em torno do CentOS. ISSO NÃO DEVE ACONTECER - repositórios de terceiros como o Virtualmin não devem sobrecarregar os nomes dos pacotes entregues no upstream (como aqueles no próprio CentOS.
Então, em resumo, você estava usando um repo ruim. Não se sinta mal: muitos deles têm esse problema e não há como saber o contrário. Evan Dag costumava fazer isso em seus RPMs.
Eu nunca tive que usar a configuração de prioridades, e tenho estado em RedHat / derivs desde 98 ou mais. Não posso comentar se a sua solução é válida, e a coisa toda parece ser um truque para contornar um problema que os regs agora evitam.
Desative o repo virtualmin.
sed -i '/^enabled/r\enabled=0' /etc/yum.repos.d/name-of-virtualmin.repo-file
Ative-o apenas na linha de comando para itens únicos e entenda até que consertem que isso causará problemas de dependência.
yum --enablerepo virtualmin [command]
Jamie é um desenvolvedor muito inteligente e capaz, e seus produtos e repositórios devem ser melhores. Isso só pode ser uma coisa de curto prazo.