O Ubuntu tem isso por padrão, AFAIK. Para uma idéia de como isso pode funcionar, dê uma olhada: binfmt_misc
Eu sempre quis saber se a execução de aplicativos Mono estará disponível para o Linux apenas clicando duas vezes em .exe . Agora, para ter um lançador no GNOME, a melhor maneira é adicionar um novo arquivo bash que fará o 'mono myapp.exe' para você.
Eu lembro que havia algumas ideias para ter isso no Linux há muito tempo, mas nada recentemente ...
O Ubuntu tem isso por padrão, AFAIK. Para uma idéia de como isso pode funcionar, dê uma olhada: binfmt_misc