Graças à dica de verificar o .xsession-errors log, consegui resolver minha própria pergunta. De fato, percebi que o sinal %
rdesktop -u user -d domain -g 90% address.to.remote.server
deve ter um escape de %% , como em -g 90%% . Estranhamente, isso não é necessário se o comando for inserido diretamente no shell.