Como você diz: o arquivo remoto que acabei de empurrar , a probabilidade de qualquer diferença no arquivo é extremamente baixa em relação ao sftp (com base no código ssh). Tão baixo quanto (na ordem de) a probabilidade de que o md5 de dois arquivos diferentes tenha o mesmo hashsum.
E a resposta curta é:
Uma sessão sftp não permite a execução remota de comandos . Então, se você não pode usar o ssh para a máquina, você não tem como rodar remotamente o md5.
Então, para verificar um arquivo remoto, você precisará lê-lo de volta, o que, IMhO parece bobo.
A única maneira é, então, fazer:
ssh user@remote-dns-name
E, uma vez no shell aberto, execute o comando (s) necessário :
$ cd path/to/file
$ csum -h MD5 >MD5-hashsum-filename
E, em seguida, copie o arquivo criado de volta para a máquina local.