Observar algumas outras questões levou-me a um pequeno script que resolve o problema:
#!/bin/bash
shopt -s globstar
for f in **/*.php; do
cloc --strip-comments=BAK --original-dir "${f%.*}.php"
mv "${f%.*}.php.BAK" "${f%.*}.php"
done
Isso sem dúvida pode ser otimizado ainda mais.