Acho que você está fazendo a pergunta errada. Você parece estar perguntando: "Como eu posso usar este bootloader quebrado (que pode não funcionar) para inicializar a partir deste USB?"
Você não precisa passar pelo GRUB instalado no HDD para inicializá-lo. O USB deve ter sua própria versão do GRUB, que você pode inicializar diretamente do firmware. O que você precisa fazer é entrar no menu do firmware e verificar se está configurado para inicializar a partir do primeiro USB. Então, você deve ser capaz de inicializar seu sistema e consertar o bootloader.
Isto é o que você teria que fazer se, por exemplo, seu HDD falhasse catastroficamente e você tivesse que substituí-lo por um novo, em branco. Tem que haver uma maneira de inicializar um USB ao vivo e instalar um sistema, sem precisar instalar o GRUB no HDD.