A resposta de @ ctrl-alt-delor está correta, mas não resolve sua pergunta editada - e a edição foi bastante significativa. E parece a partir dos comentários que a questão tem restrições que ainda estão "saindo".
Nesta fase da discussão, dois fatos parecem proeminentes. E desses dois fatos há uma conclusão do que eu posso ver:
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Em um programa Python, você tem controle total sobre como e quando os dados de saída são "liberados" para um arquivo. No entanto, você deve exercer esse controle a partir do programa Python que produz a saída.
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Você diz que "não pode editar os arquivos python" e não pode editá-los depois de retirá-los do repositório.
Se estes são os fatos, então duas coisas parecem ser verdadeiras:
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A resposta para sua pergunta é: "Não, você não pode fazer o que deseja fazer".
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Sua incapacidade de editar os arquivos antes de executá-los é baseada em uma regra ou um acordo que você tenha firmado. Digo isso porque não há nada "tecnicamente" impedindo você de fazer isso - ou pelo menos você não explicou. Se as ferramentas baseadas no Windows não estiverem à altura do trabalho, garanto que existem outras ferramentas baseadas no Windows. Não estamos falando de ciência de foguetes - você faz o download de um grupo de arquivos via git, e você pode editá-los programaticamente ou manualmente.
Mas, por favor, me perdoe se eu pulei para uma conclusão errônea. Tenho certeza de que alguém aqui pode ajudar, mas devemos ter todos os fatos em primeiro lugar - então não perdemos nosso tempo caçando coelhos.