A questão era porque o fastCGI estava armazenando o caminho em cache. Quando a linha na configuração do nginx:
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
no bloco de localização do php foi substituído por:
fastcgi_param DOCUMENT_ROOT $realpath_root;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $realpath_root$fastcgi_script_name;
todas as alterações são afetadas imediatamente.