Eu recomendo altamente diffoscope
neste tipo de situação.
Você pode executá-lo antes de criar os tarballs, como
diffoscope dir1 dir2
para encontrar as diferenças entre os dois diretórios (incluindo metadados) ou depois de criá-los, como
diffoscope tarball1.tar tarball2.tar
para encontrar as diferenças entre os dois tarballs.