Um aplicativo parece estar mexendo com o teclado. Tentar parar uma aplicação desse tipo (como "GNOME Do" ou similar) seria meu primeiro palpite.
Estou assumindo isso, já que o teclado funciona antes de fazer login e já funciona em uma sessão de convidado. Também não acho que seja relacionado ao driver (ou gráficos relacionados) pelas mesmas razões. Então, um aplicativo parece carregar esse usuário e atrapalhar as coisas.
Você pode chegar ao TTY com Ctrl + Alt + F1 ?