My issue is I'm trying to have a main Wayland based gui/desktop while X apps are isolated in containers. Isn't there a way to run those X apps inside containers without the Xwayland overhead?
O comentário citado é confuso. Por favor, estude cuidadosamente a resposta que a segue imediatamente e elimina essa confusão.
You need an X server in any case.
Se você quer rodar um aplicativo X, e o que você tem é um servidor de exibição Wayland, você precisa de uma Xwayland para traduzir.
Se você quiser evitar a sobrecarga e aproveitar ao máximo o desempenho do Wayland, precisará de contêineres que suportem contêineres Wayland nativos. Como executar aplicativos Flatpak sob o Wayland. (AFAIK se você executar aplicativos Flatpak em um desktop X , ele simplesmente desiste e permite acesso X totalmente inseguro).