Os marcadores são armazenados como um gio
atributo de arquivo , por exemplo você pode listá-los com
gio info -a metadata::evince::bookmarks myfile.pdf
Definir esse atributo como string vazia removerá todos os favoritos do seu documento:
gio set myfile.pdf metadata::evince::bookmarks ''
Observe que este é um recurso bastante novo - ele substitui gvfs-info
e, respectivamente, gvfs-set-attribute
(com sintaxe semelhante)