Nota: Eu não sou um usuário regular de imake e não sei muito sobre como esse sistema de compilação é suposto funcionar.
O erro imake está procurando arquivos para incluir em config/cf , mas o arquivo site.def está localizado em config/project .
Um truque seria vincular simbolicamente o arquivo site.def de seu local atual a config/cf ou fazer uma cópia do arquivo nesse local.
Isso é um truque, e tenho certeza de que o software que você está construindo pode ser construído corretamente sem ele. Você deve consultar a documentação do software. Pode ser que xmkmf precise ser executado em outro diretório ou que um dos arquivos Imakefile possa ser facilmente modificado para incluir um sinal% -I adicional no projeto.