A explicação mais provável para o comportamento que você descreve é:
- As configurações em
xorg.conf
work. - Quando você efetua login, seu ambiente de desktop altera a configuração dos padrões do sistema para os padrões do usuário , o que é perfeitamente razoável de se fazer.
- Se você executar
setxkbmap
depois, isso alterará a configuração da sessão atual.
Você precisa descobrir como configurar seu ambiente de área de trabalho para o comportamento desejado ou executar o comando setxkbmap
como parte de algo que é executado com atraso suficiente durante o processo de inicialização do ambiente de área de trabalho.