Não há "ferramenta" em wine que possa emular esse comportamento do Painel de Controle como você está perguntando, onde você pode listar todos os softwares instalados e winecfg somente configurará itens específicos do último WINEPREFIX sendo usado , mas não listará o software instalado nele. Além disso, você está usando um WINEPREFIX personalizado, então não há como adivinhar quais prefixos você configurou na sua máquina.
Por que existem prefixos? Para isolar melhor a configuração específica do software Windows e as necessidades + dependências que possa ter.
Algumas ferramentas de gerenciamento de biblioteca, como Lutris , podem manipular prefixos por aplicativo e versões de vinho, mas você precisará instalar o software usando-o ou criando uma nova entrada no Lutris manualmente, praticamente da mesma maneira que é feito com o PlayOnLinux.