primeiro obtenha md5sum
do diretório1 todos os arquivos e grave em um arquivo.
find dir1 -type f -exec md5sum '{}' + >dir1_checksum.txt
Em seguida, localize todos os checksum de arquivos do diretório2 e exiba essas somas de verificação que não correspondem usando grep -vf filename
.
find dir2 -type f -exec md5sum '{}' + | grep -vf dir1_checksum.txt