Como os padrões geralmente não são separados, a ordem na qual os comandos :filetype são executados é importante. Você provavelmente coloca filetype *.sql /opt/sublime_text_3 depois de filetype * ... , que pega tudo e, portanto, deve ser o último.
Você pode verificar qual aplicativo será executado para um arquivo sql executando:
:filetype a.sql
Um menu pop-up mostrará a lista de aplicativos que o vifm tentará na ordem de cima para baixo.