O Rsync realmente faz uma travessia em profundidade, mas o faz em duas passagens. Na primeira passagem, ele cria a estrutura de diretórios e, em seguida, a segunda passagem copia os arquivos. Eu não estou 100% certo de mim mesmo sobre porque é assim que funciona, mas tenho certeza que isso é feito por argumento de fonte, então você poderia teoricamente evitar esse comportamento parcialmente dividindo seu diretório de origem em itens individuais (então se você tem /some/path como sua fonte, você pode alterá-la para /some/path/*/ para obter o rsync para criar apenas os diretórios de nível superior enquanto conclui os anteriores).