Espero que isso ajude agora: Percorra os nomes dos arquivos por meio de um loop for e anexe-os ao padrão de localização, copie com o manipulador exec:
for i in $(<names.list)
do
find . -path \*spades/filtered/"$i" -type f -exec cp -t "$HOME/destination/" {} \;;
done
Editar : Graças à resposta de Rakesh Sharma, substituindo o corpo do loop por:
find . -mindepth 5 -maxdepth 5 -path "*/spades/filtered/$i" -type f -exec cp -t "$HOME/destination/" {} +;
acelera as coisas.