Você está comparando tamanhos de diretório em dois sistemas operacionais diferentes com dois sistemas de arquivos diferentes. Não há razão para esperar que sejam iguais.
Sua verdadeira pergunta é como verificar se os dados na unidade 1 são idênticos à unidade 2. A melhor ferramenta que encontrei para realizar isso é chamada hashdeep . Por mais de 12 anos, tem sido minha ferramenta para realizar a verificação de integridade de arquivos.
Os binários do Windows e o código-fonte estão disponíveis aqui .
Para o MacOS X, se você não quiser compilar sua própria cópia, poderá obtê-la no projeto do Fink. Desculpe por não postar o link, mas eu sou novo aqui e não tenho os 10 pontos de reputação necessários para postar mais de dois links. O Fink pode ser encontrado em www finkproject com
A maneira como essa ferramenta funciona é que você cria uma lista de hashes de arquivo de uma fonte e, em seguida, usa os hashes resultantes para verificar se os arquivos copiados correspondem. É realmente simples, mas você deve encontrar alguns vídeos e tutoriais pelo Google.