Você pode usar globbing de nome de arquivo padrão, por exemplo para todos os números de 3 dígitos (por ordem):
$ mycommand dir-[0-9][0-9][0-9]/myfile
Com globbing básico, você precisa de um padrão para números de um dígito, um para números de dois dígitos, etc.
$ mycommand dir-[0-9]/myfile dir-[0-9][0-9]/myfile
Zsh (mas não outros shells) também suporta mycommand dir-<->/myfile
, ou por ex. mycommand dir-<3-42>/myfile
para os diretórios numerados de 3 a 42.
Ou se você preferir a expansão de contraventamento (e seu shell o suporta):
$ mycommand dir-{1..3}/myfile
Se os nomes dos seus diretórios contiverem zeros à esquerda, coloque-os nas chaves, por exemplo, dir-{001..048}/myfile
.
Com a expansão de chaves, você também pode fazer (no ksh93 e zsh, mas não no bash)
$ mycommand dir-{1..$n}/myfile
onde $n
se expande para algum inteiro.