Instale o ANARCI no RHEL 6

Question

Eu quero instalar o ANARCI no RHEL 6. Eu tenho o Python 2.7 .7 instalado. Como você pode ler sua home page, o ANARCI requer o Python 2.6+ e o HMMER3. Eu baixei anarci tar.gz e então descompactei. Instalado com

python setup.py install --prefix=/tmp/anarci

Mas quando executo /tmp/anarci/bin/ANARCI -h , ele não mostra um módulo chamado ANARCI.

Como especifico a dependência HMMER neste caso. Como posso instalar o ANARCI?

    

Answer 1

Obrigado pela resposta. Suas sugestões funcionaram para mim, a única coisa que eu mudei depois do python, eu tenho que anexar pacotes de sites a PYTHONPATH.

Portanto, exportar PYTHONPATH = / tmp / anarci / lib / python / site-packages /: $ PYTHONPATH fez o trabalho.

Em seg, 29 de maio de 2017 às 18:53, Dunbar, James escreveu: Oi Prashant,

Desculpas pela resposta lenta.

O módulo anarci python precisa estar na sua variável PYTHONPATH env e hmmscan binary (do hmmer3) no seu PATH.

por exemplo. com uma primeira execução do shell bash:

exportar PYTHONPATH = / tmp / anarci / lib / python /: $ PYTHONPATH PATH de exportação = / tmp / HMMER-3.1 / binários /: $ PATH

então: / tmp / anarci / bin / ANARCI

Espero que ajude. Deixe-me saber se você tem alguma dúvida.

Melhor James

Em 29 de maio de 2017, às 15:13, James Dunbar escreveu:

---------- Mensagem encaminhada ---------- De: Prashant Shete < [email protected]> Data: 22 de maio de 2017, às 20:18 Assunto: Numeração de Anticorpos - Instalação do ANARCI Para: [email protected]

Oi James,

Eu tentei instalar o ANARCI do link

Como diz, ele requer o python 2.6+ e o HMMER3. Eu baixei o anarci tar.gz, descompactei e executei o python setup.py install --prefix = / tmp / anarci na máquina do RHEL 6.

Eu também baixei o HMMER-3.1, make feito, make install com o prefixo /tmp/HMMER-3.1.

Mas quando executo / tmp / anarci / bin / ANARCI, não aparece nenhum módulo chamado anarci. É porque eu não especifiquei a dependência do HMMER? Se sim, como posso fazer isso?