Eu acho que você seguiu todos os passos em github.com/Valloric/YouCompleteMe para instalar YouCompleteMe, então eu vou pular essa parte.
Agora, para que funcione, você precisará de um gerenciador de plug-ins para vim , consulte a instalação completa orientar no mesmo site.
Observação vou usar o vundle aqui como gerenciador de plugins, mas o mesmo funciona com patógeno e vim- plug , veja seus respectivos README para detalhes.
Para instalar o vundle, pegue-o no github (eu recomendo usar os diretórios padrão)
$ git clone https://github.com/VundleVim/Vundle.vim.git ~/.vim/bundle/Vundle.vim
e coloque isso no topo do seu .vimrc (crie um arquivo ~/.vimrc se você ainda não tiver um) para instalar plugins (exemplo do site deles)
" set the runtime path to include Vundle and initialize
set rtp+=~/.vim/bundle/Vundle.vim
call vundle#begin()
" alternatively, pass a path where Vundle should install plugins
"call vundle#begin('~/some/path/here')
" let Vundle manage Vundle, required
Plugin 'VundleVim/Vundle.vim'
" YouCompleteMe Plugin
Plugin 'Valloric/YouCompleteMe'
" All of your Plugins must be added before the following line
call vundle#end() " required
filetype plugin indent on " required
" Put your non-Plugin stuff after this line
Em seguida, para instalar os plug-ins, inicie o vim e execute :PluginInstall ou use
$ vim +PluginInstall +qall
para instalar plugins a partir da linha de comando.
Confira as instruções no repo para mais detalhes, por exemplo sobre como atualizar ou remover plugins e assim por diante.