No Ubuntu 16.04 LTS, no gerenciador de janelas FVWM , eu meio que observo a mesma coisa. Quando pressiono Alt + F1 , vou para:
XDG Menu > Gnome Applications > System Tools > Administration > Synaptic Package Manager
Nada acontece.
Em seguida, no xterm, corro $ synaptic
e recebo a seguinte mensagem:
No xterm, quando executo $ sudo synaptic
, o programa inicia normalmente sem nenhuma mensagem de aviso / erro.