Eu acho que seu código deve ser como
Se você deseja uma saída como
Contagem de Serial_Number Name_Of_Element nome do arquivo 1 nome do arquivo 2
#!/bin/bash
FILENAME=$1
count=0
while read LINE
do
let count++
VAL=$(grep -r $LINE /home/user/vaishnavi | awk -F ':' '{print $1}' | sort -u )
NUM=$(grep -r $LINE /home/user/vaishnavi | wc -l)
echo "$count $LINE $NUM"
echo "$VAL"
done < $FILENAME
echo -e "\nTotal $count Lines read"