Aqui está uma abordagem do awk, que depende da divisão de linhas pares e ímpares em matrizes apropriadas.
$ awk 'NR%2 !=0 {split($0,col1)}; NR%2 == 0 {split($0,col2); for (i=1;i<=length(col1);i++) print col1[i],col2[i]};' inpu>
4 -3.592311e+00
4 -3.360352e+00
4 -3.063397e+00
4 -3.660137e+00
4 8.053911e+00
4 1.077868e+01
4 -2.455155e+00
4 6.214082e+00
4 5.311552e+00
4 5.311552e+00
10 -4.394679e+00
10 -2.527588e+00
10 7.716434e+00
10 5.001199e+00
10 2.653916e+00
10 3.673181e+00
10 3.721885e+00
10 3.464234e+00
10 -4.363173e-01
10 6.849429e-01
A maneira como isso funciona é bem simples. NR % 2 != 0
nos diz que a linha é ímpar e NR % 2 == 0
é par. Em linhas ímpares, apenas dividimos a linha inteira em array. Em linhas pares, dividimos e imprimimos as duas matrizes por item. Esse processo se repete de maneira alternada até que a última linha seja alcançada.
Isso pode ser melhorado, é claro, o espaço entre colunas pode ser aumentado e tal. A abordagem não é à prova de balas e é adaptada para este caso específico, onde o número de campos é o mesmo em cada linha do arquivo original