É possível atribuir configurações por aplicativo com o openbox, conforme detalhado no link . Há também uma boa documentação sobre isso no arquivo de configuração padrão de todo o sistema /etc/xdg/openbox/rc.xml .
Procure a seção <applications> em ~/.config/openbox/rc.xml
<applications>
...
<application name="EXAMPLE">
<layer>above</layer>
</application>
...
</applications>
Você pode usar xprop para encontrar o NAME ou CLASS da sua janela.