A maneira correta de lidar com atualizações é para o site de download fornecer um "repositório de pacotes". Não há um para o Atom, e a documentação do Atom declara explicitamente
The Linux version does not currently automatically update so you will need to repeat these steps to upgrade to future releases.
Você provavelmente pode automatizar os downloads do Atom, usando o link para a última versão ...