No Dolphin, basta clicar com o botão direito do mouse no script e escolher "Abrir com > Outro ..." e clicar na caixa de seleção que diz "Executar no terminal". Você também precisará escolher seu emulador de terminal na lista de softwares. Infelizmente, acho que você terá que dizer para sempre abrir os arquivos .py da mesma maneira, se você quiser.