O Bumblebee, anteriormente, estava usando o VirtualGL como seu núcleo e agora mudou para a tecnologia Primus.
optirun usa o VirtualGL e primusrun usa a tecnologia Primus. Essa deve ser a razão.
Observação: Embora a pergunta tenha sido postada há muito tempo, a resposta ajudaria os interessados a entender a diferença.