If I copied the original data to the FreeNas pool, it would have been setup for disk1 to be mirrored to disk2, so I don't think I destroyed any parity information during the clone.
Você sobrescreveu o disco 2 com o conteúdo do disco 1, e se o disco 1 sofreu perda de dados? Você teria então dois discos "quebrados". Isso parece improvável, mas pode ser uma possibilidade.
Primeiro, não tente nada com nenhum dos discos ativos, mas crie duas cópias de baixo nível de cada um dos discos para outros discos ou sistemas (imagens completas). Coloque os dois primeiros de lado para backup e use os dois segundos para seus experimentos.
Aqui é um post muito detalhado de uma tentativa de recuperação com zdb
e outras ferramentas, juntamente com links para mais informações. "zdb recovery" no seu mecanismo de pesquisa favorito também deve começar.