Primeiro, você precisa descobrir onde o espaço está sendo usado:
du -xak / >/home/sizes
sort -rn /home/sizes >/home/sorted
less /home/sorted
As coisas no topo são os maiores diretórios / arquivos. Encontre coisas na lista que você não precisa (que podem ser excluídas) ou pode mudar para / home, que tem muito espaço.