A menos que o programa verifique especificamente as coisas, você deve ser capaz de fazer
# mv /usr/local/MATLAB /disk2/MATLAB
# ln -s /disk2/MATLAB /usr/local
E tudo deve continuar funcionando normalmente.
Na verdade, nas minhas máquinas domésticas eu faço isso por todo o /usr/local
(eu transfiro isso para /datadisk/local
) para poder atualizar meu sistema operacional de disco raiz sem afetar o software instalado!