Se você estiver usando o GNOME ou tiver algumas ferramentas do GNOME instaladas, poderá usar gnome-screenshot com a opção --delay=# . O atraso é em segundos, e dá-lhe muitos segundos para abrir o menu "Project" para que ele seja aberto quando o screencap realmente acontecer. Também recomendo a opção --window para manter a desordem na captura de tela ao mínimo.