passwd é um comando unix tradicional. lpasswd parece pertencer ao projeto libuser, "uma interface padronizada para manipular e administrar contas de usuários e grupos".
% ls -li =passwd =lpasswd
3149052 -rwsr-xr-x. 1 root root 30768 Feb 17 2012 /usr/bin/passwd
3155939 -rwxr-xr-x 1 root root 33240 Jul 10 2015 /usr/sbin/lpasswd
% rpm -qf =passwd
passwd-0.77-4.el6_2.2.x86_64
% rpm -qf =lpasswd
libuser-0.56.13-8.el6_7.x86_64
% rpm -q --queryformat='%{URL}\n' libuser
https://fedorahosted.org/libuser/
lpasswd não possui um bit setuid, então é interessante.